Ces complications, dues à des désordres structurels imprévus, pèsent lourdement sur le calendrier et le budget du projet. L'analyse des structures a révélé des problèmes plus graves que prévu, notamment des fuites dans le bassin des requins et la nécessité de refaire une charpente du pavillon austral.

Ces « désordres structurels conséquents » ont forcé les élus de la métropole à approuver un avenant au contrat de délégation de service public pour financer cette rallonge budgétaire substantielle.

Initialement prévues pour être plus courtes, les fermetures des pavillons sont désormais prolongées.

Le pavillon tropical, qui devait rouvrir plus tôt, ne sera finalement accessible qu'à l'été 2026. Le pavillon austral, qui abrite notamment les manchots, attendra quant à lui l'automne 2026.

Ce chantier s'avère donc bien plus complexe qu'anticipé, illustrant les défis inhérents à la rénovation d'infrastructures de cette envergure. L'impact est double : financier, avec une facture qui explose, et touristique, avec l'indisponibilité prolongée de l'un des principaux attraits de la région, ce qui pourrait affecter l'attractivité de la ville pour les visiteurs durant plusieurs saisons. La gestion de ce projet devient un cas d'école sur les imprévus dans les grands chantiers de rénovation d'équipements spécialisés.