L'explosion budgétaire s'explique par la découverte de « désordres structurels conséquents » lors des travaux. Les investigations ont révélé des problèmes critiques qui n'avaient pas été anticipés, notamment des fuites dans le bassin des requins et une corrosion avancée de la charpente du pavillon austral. Ces complications techniques imposent des interventions lourdes et coûteuses pour garantir la sécurité et la pérennité des installations.

Face à cette situation, les élus de la métropole ont dû approuver un avenant au contrat de délégation de service public pour débloquer les fonds nécessaires. Les conséquences de ces découvertes ne sont pas seulement financières.

Le calendrier de réouverture est également bouleversé. Alors que le public attendait de redécouvrir un Océanopolis modernisé, il faudra faire preuve de patience.

La réouverture se fera en deux temps : le pavillon tropical, moins affecté, devrait être accessible à l'été 2026.

En revanche, le pavillon austral, qui abrite notamment les manchots et nécessite les travaux les plus complexes, ne rouvrira ses portes qu'à l'automne 2026.

Ce report affecte non seulement l'attractivité touristique de la ville mais aussi l'activité économique qui en dépend, prolongeant une période de fermeture partielle qui pèse sur le centre national de culture scientifique dédié à l'océan.