Cette situation est exacerbée par un conflit avec la Région Auvergne-Rhône-Alpes, qui maintient le gel d'une subvention de 19 millions d'euros indispensable à la rénovation du campus. Face à un déficit initialement prévu à 8,1 millions d'euros (revu à 5,3 millions), la présidente de l'université, Isabelle von Bueltzingsloewen, a officialisé un plan de « retour à l'équilibre » sur trois ans, visant une stabilisation en 2028.

La masse salariale, qui atteint 85,6 % du budget total et dépasse ainsi le seuil de soutenabilité de 85 %, est au cœur des mesures. Le plan prévoit 4 millions d'euros d'économies sur cette dernière, principalement par le non-renouvellement de 5 postes d'enseignants-chercheurs et 10 postes administratifs lors de départs naturels. La présidente insiste sur le fait qu'« aucune fin de contrat ne sera subie ou imposée ».

Cependant, cette crise structurelle, qu'elle attribue à un « modèle économique à bout de souffle », est aggravée par une dimension politique.

La Région Auvergne-Rhône-Alpes refuse toujours de verser une subvention de 19 millions d'euros destinée à la construction du bâtiment « La Ruche » sur le campus Porte des Alpes.

Ce gel fait suite à une polémique nationale née de l'interruption d'un cours par des militants.

L'université tente d'« apaiser » les relations, mais la Région maintient la pression.

S'ajoutent à cela de nouvelles dépenses imposées par l'État, estimées à 2,8 millions d'euros, qui pourraient encore alourdir le budget.

L'établissement se retrouve donc pris en étau entre la nécessité de se restructurer financièrement et l'incertitude liée à un financement régional crucial pour son développement infrastructurel.