Cette situation est exacerbée par des tensions politiques avec la Région Auvergne-Rhône-Alpes, qui a gelé des subventions essentielles au développement de l'établissement.

Face à un déficit prévisionnel de 5,3 millions d'euros pour 2025, la direction de l'université a fait adopter un plan d'économies visant une stabilisation en 2028 afin d'éviter une mise sous tutelle. La présidente, Isabelle von Bueltzingsloewen, a souligné que cette crise s'inscrit dans un contexte national où « le modèle économique est à bout de souffle » pour de nombreuses universités. L'un des principaux leviers d'action est la maîtrise de la masse salariale, qui représente 85,6 % du budget, soit un niveau jugé insoutenable.

Le plan prévoit ainsi le non-renouvellement de cinq postes d'enseignants-chercheurs et de dix postes administratifs lors de départs naturels.

La présidente a toutefois assuré qu'« aucune fin de contrat ne sera subie ou imposée ».

Cette crise interne est aggravée par un conflit avec la Région. Suite à l'interruption d'un cours par des militants en mai, qui a engendré une polémique nationale, la collectivité a gelé une subvention de 19 millions d'euros destinée à la construction du bâtiment "La Ruche" sur le campus Porte des Alpes. La présidence de Lyon 2 cherche à « apaiser nos relations avec la Région » pour débloquer ces fonds, jugés indispensables. De nouvelles dépenses imposées par l'État pourraient par ailleurs alourdir le budget de 2,8 millions d'euros supplémentaires, compliquant davantage la situation.