Cependant, l'enthousiasme est tempéré par les nouvelles estimations financières concernant la future troisième ligne, la Ligne C.

Initialement chiffré à 3,1 milliards d'euros, le coût du projet s'approcherait désormais de la barre des quatre milliards d'euros, en prenant en compte l'inflation et les surcoûts potentiels. Cette dérive budgétaire soulève des questions sur la soutenabilité du financement et pourrait avoir des répercussions sur d'autres investissements publics. L'équilibre entre la nécessité d'étendre le réseau pour répondre à la croissance démographique et la maîtrise des dépenses publiques constitue donc un défi central pour Tisséo et les collectivités locales impliquées dans ce projet d'envergure.