Des milliers de personnes ont manifesté dans les régions côtières à majorité alaouite pour dénoncer ces violences, notamment des actes de vandalisme à Homs. Ces tensions surviennent dans un contexte où les alaouites, dont est issu le président déchu, sont accusés du meurtre de bédouins sunnites. L'écrivaine Samar Yazbek et le spécialiste Fabrice Balanche décrivent une situation de « gigantesque punition collective » où l'objectif du nouveau pouvoir serait « d'éliminer les minorités de Syrie ». Ce climat de vengeance et de règlements de comptes complique le dilemme syrien de la reconstruction, alors que le pays est bâti sur des « charniers encore pleins » de l'ère Assad.

La situation des autres minorités est également critique.

Un rapport de l'Œuvre d'Orient révèle que près de 80% des chrétiens ont été contraints de quitter le pays durant les quatorze ans de guerre civile, les menaçant d'un « effacement démographique ». Par ailleurs, la situation sécuritaire reste précaire, avec des prisons surpeuplées de combattants de Daech qui menacent d'« imploser », selon des commandants américains, le groupe islamiste cherchant à libérer ses membres.