En contrepartie, Israël a libéré près de 2 000 prisonniers palestiniens.

Cependant, la seconde partie de l'échange, concernant les 28 corps d'otages décédés, s'est rapidement compliquée. Le Hamas n'a restitué qu'une partie des dépouilles dans les délais impartis, arguant de « difficultés extrêmes » pour retrouver et extraire les corps des décombres après plus de deux ans de bombardements. Le mouvement a précisé que certains corps étaient « enterrés dans des tunnels détruits » ou sous les ruines de bâtiments bombardés, nécessitant un « équipement spécial ». Israël a qualifié ce retard de violation de l'accord et a utilisé cette situation pour justifier le maintien de la fermeture du passage de Rafah. Le Premier ministre Netanyahou a affirmé qu'il ne ferait « aucun compromis » jusqu'au retour de tous les otages décédés.

Au fil des jours, plusieurs corps ont été restitués et identifiés, notamment ceux de Tal Haïmi, Eliyahu Margalit, Tamir Adar et Aryeh Zalmanovich, ravivant l'émotion en Israël.

Pour aider aux recherches, la Turquie a annoncé l'envoi d'équipes de secours spécialisées.

Ce processus macabre est donc devenu un levier de pression politique, chaque restitution étant scrutée et chaque retard alimentant la méfiance.