Les retards et les controverses entourant cet échange ont été l'une des principales justifications avancées par Israël pour ses récentes frappes sur Gaza.

La première phase de l'accord de trêve prévoyait que le Hamas libère 20 otages vivants et restitue les 28 corps de captifs avant le 13 octobre.

Cependant, seules 15 dépouilles ont été rendues à ce jour.

Le Hamas justifie ce retard en invoquant la difficulté à localiser les corps « sous une masse de décombres dans un territoire en ruines ». La situation s'est envenimée lorsque le Hamas a restitué des restes humains identifiés comme ceux d'Ofir Tzarfati, un otage dont une partie du corps avait déjà été récupérée par Tsahal des mois auparavant.

Israël a qualifié cet acte de « violation flagrante de l'accord » et de « torture psychologique supplémentaire pour les familles ».

En réponse à cette controverse, le Premier ministre Netanyahou a ordonné des frappes sur Gaza. De son côté, le Hamas a annoncé le report de la restitution d'une autre dépouille en raison des « violations de l'occupation ». Le Forum des familles des otages a appelé le gouvernement israélien à « agir de manière décisive » et à ne pas passer à la deuxième phase du plan de paix, qui inclut le désarmement du Hamas, tant que toutes les dépouilles n'auront pas été restituées. Pour tenter de débloquer la situation, des équipes égyptiennes, avec des engins de chantier, ont été autorisées par Israël à entrer à Gaza pour aider la Croix-Rouge et le Hamas dans les recherches.