Cependant, malgré des performances remarquées, son plein potentiel reste entravé par une fragilité physique qui inquiète au sein du club.

Depuis son arrivée à Lille à l'été 2024, le jeune milieu de terrain « n’a pas été épargné par les blessures ». Cette situation est un sujet de préoccupation majeur pour son entraîneur, Bruno Genesio, qui a souligné le talent indéniable de son joueur tout en pointant du doigt cette faiblesse. « Si son corps le laisse tranquille, c’est un joueur qui rend l’équipe meilleure, c’est un titulaire en puissance », a-t-il confié après la victoire contre l'OM. Ce commentaire résume parfaitement le paradoxe Mbappé : un joueur capable de faire basculer des matchs, comme en témoigne son troisième but de la saison, mais dont la continuité est constamment menacée par des pépins physiques. Son coéquipier Aïssa Mandi a également loué ses qualités et son « très gros caractère », des atouts qui lui permettent de revenir à chaque fois.

Néanmoins, cette succession de blessures pose question sur sa capacité à supporter l'intensité du haut niveau sur le long terme et représente le principal défi pour la suite de sa carrière.