La diffusion elle-même a connu des péripéties, l'émission ayant dû être « tronquée au dernier moment ».

En parallèle, l'Arcom, le régulateur de l'audiovisuel, a adressé une « mise en garde » à Complément d'enquête pour un autre numéro, ajoutant à la tension ambiante. Le lendemain de la diffusion, Pascal Praud a réagi dans son émission L'heure des Pros en demandant ironiquement : « Tout ça pour ça ?

».

Le programme a néanmoins été un succès d'audience, les chiffres montrant que « les audiences de France 2 décollent », confirmant l'intérêt du public pour ce sujet sensible qui met en lumière les rivalités et les divergences idéologiques au sein du paysage médiatique français.