Cependant, le match a aussi été le théâtre d'une vive controverse arbitrale. À la suite d'une main dans la surface, le défenseur havrais Gautier Lloris a été expulsé, une décision jugée sévère par son entraîneur, Didier Digard.

Ce dernier a exprimé son amertume après la rencontre, estimant que l'arbitrage avait été défavorable à son équipe : « On ne parle pas avec les petits clubs », a-t-il déclaré, suggérant un traitement de faveur pour les grandes équipes.

L'ancien arbitre Saïd Ennjimi a pour sa part estimé que la décision était justifiable, la VAR ayant considéré la main comme « délibérée ».

Côté marseillais, l'entraîneur Roberto De Zerbi a cherché à tempérer l'euphorie ambiante.

« Être en tête après cette journée n'est pas très important », a-t-il affirmé, préférant se concentrer sur la performance de son équipe plutôt que sur le classement provisoire. Cette victoire spectaculaire confirme la bonne forme de l'OM, mais le débat sur l'arbitrage a quelque peu éclipsé la performance sportive.