Cette décision a été prise en réaction à une vive polémique, ses détracteurs accusant l'événement d'être une « foire antisioniste » et de manquer de neutralité. L'institution a justifié sa décision en invoquant la nécessité de garantir la sécurité et de préserver sa « stricte neutralité (…) au regard des questions de nature politique ou idéologique ». Le colloque, co-organisé avec un institut financé par le Qatar, devait accueillir des intervenants de renom tels que l'ancien Premier ministre Dominique de Villepin et Francesca Albanese, rapporteure spéciale de l'ONU pour les Territoires palestiniens.

La programmation a été vivement critiquée, notamment par la Licra (Ligue internationale contre le racisme et l'antisémitisme), qui a dénoncé un « dévoiement d'une institution prestigieuse ». La ministre de l'Enseignement supérieur a qualifié la décision d'annulation de « responsable ».

Cet événement illustre les tensions extrêmes entourant le débat sur le conflit israélo-palestinien en France, et la difficulté pour les institutions académiques d'organiser des discussions sur ce sujet sans être accusées de partialité.