Ils estiment que la réglementation actuelle, très stricte, freine l'innovation et la compétitivité européenne.

À l'inverse, de nombreuses organisations environnementales et le secteur de l'agriculture biologique s'opposent fermement à cet assouplissement.

Ils craignent un manque de transparence, l'absence d'étiquetage spécifique pour les consommateurs et des risques imprévisibles pour la biodiversité. L'Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation) a d'ailleurs estimé que « certains risques identifiés pour les NTG ne sont pas radicalement différents » de ceux des OGM. Les opposants dénoncent également le risque de voir les agriculteurs devenir encore plus dépendants des grands groupes semenciers internationaux qui détiennent les brevets sur ces nouvelles variétés.