Les syndicats agricoles, comme la Confédération paysanne et la Coordination rurale, jugent cette mesure inefficace et économiquement désastreuse. Thomas Gibert, porte-parole de la Confédération paysanne, a déclaré : « On ne fait pas une politique sanitaire à grand coup de LBD », tandis que François Walraet de la Coordination rurale estime que « sans vaccination, le virus continue de se propager ». Face à cette fronde et à l'extension de la maladie à de nouveaux départements comme la Haute-Garonne, la ministre de l'Agriculture, Annie Genevard, a annoncé la vaccination prochaine de « près d’un million d’animaux ». Cette décision répond à une demande unanime des syndicats, qui voient dans la vaccination le seul moyen de protéger les cheptels. Le député LFI Hadrien Clouet a également critiqué la stratégie gouvernementale, la qualifiant de « logique la moins efficace ». Certains témoignages, comme celui d'un éleveur de Haute-Savoie, rappellent cependant que l'abattage a pu par le passé permettre de protéger les troupeaux voisins et d'endiguer la propagation.