Cette initiative a été perçue par ses opposants comme une instrumentalisation politique d'un moment de recueillement national. Lors de la cérémonie d'hommage aux 132 victimes, Jean-Michel Aulas a écrit un message qui a rapidement suscité l'indignation, notamment pour sa conclusion : « Cette cérémonie qui aurait pu être conclue par une belle Marseillaise démontre que la force du collectif donne à tous, même ceux qui ont cautionné, la force de défendre l’État de droit et penser à vie à ceux qui ont perdu un des leurs dans cette horrible attaque ». L'expression « même ceux qui ont cautionné » a été immédiatement interprétée comme une attaque politique voilée, bien que la cible ne soit pas explicitement nommée. Les réactions du camp écologiste, qui dirige actuellement la ville, ont été virulentes.

Fanny Dubot, maire du 7e arrondissement, a qualifié l'acte de « honte », dénonçant l'utilisation du livre d'or « pour diviser ». De son côté, Valentin Lungenstrass, adjoint à la mairie de Lyon, a condamné des « propos douteux, indignes dans ce contexte » et a exigé « des excuses » de la part du candidat. Face à la polémique grandissante, l'entourage de Jean-Michel Aulas a tenté de calmer le jeu, assurant que l'ancien président de l'OL ne visait « absolument personne en particulier » et que son propos n'avait « rien de politique ni de polémique ». Ses proches ont expliqué que le message visait à rappeler que « la force du collectif et de l’État de droit protège tout le monde, y compris ceux qui, parfois, banalisent ou mettent à distance l’importance de ces valeurs ». Cet incident, survenant très tôt dans la pré-campagne, installe un climat de tension et d'affrontement à Lyon, et soulève des questions sur la stratégie de communication du candidat Aulas, accusé par ses adversaires de manquer de la solennité requise pour de telles commémorations.