Le programme du gouvernement Babiš stipule que "le Pacte Vert est insoutenable dans sa forme actuelle, c'est pourquoi nous en promouvrons une révision fondamentale". Le gouvernement prévoit de s'opposer à la mise en œuvre du nouveau marché du carbone pour le chauffage et les carburants (ETS2), une pierre angulaire de la stratégie climatique de l'UE, et menace même de ne pas transposer ce système dans la législation tchèque pour éviter des "impacts sociaux très négatifs". De plus, l'interdiction de la vente de voitures à moteur à combustion en 2035 est jugée "inacceptable". Cette posture reflète la crainte des critiques que la République tchèque ne devienne une nouvelle "bête noire" pour l'UE, s'alignant sur les positions de Viktor Orbán. Le ministre tchèque des Affaires étrangères sortant, Jan Lipavský, a exprimé son inquiétude, estimant que Babiš "commencera à pousser la République tchèque vers les marges" de l'Europe.

Andrej Babiš pourrait trouver un allié en la personne du Premier ministre polonais Donald Tusk, qui a également obtenu une "clause de révision" pour l'ETS2.