Cette nouvelle dynamique politique pourrait entraver le fonctionnement de l'Union européenne sur des dossiers clés. Le nouveau gouvernement de coalition de Babiš, allié à l'extrême droite, pourrait s'aligner sur la Hongrie de Viktor Orbán et la Slovaquie de Robert Fico pour « gripper la machine législative à Bruxelles ». Babiš évoque régulièrement la relance du groupe de Visegrád, une alliance qui pourrait désormais compter trois membres eurosceptiques sur quatre, la Pologne du pro-européen Donald Tusk étant peu susceptible de s'y joindre. Ce potentiel bloc de Visegrád pourrait s'opposer fermement aux initiatives environnementales de l'UE, telles que le système d'échange de quotas d'émission pour les transports et les bâtiments (ETS2) ou l'interdiction des moteurs à combustion. La posture de Babiš sur l'Ukraine reste cependant ambiguë ; après avoir critiqué l'initiative tchèque de fourniture de munitions pendant sa campagne, il a depuis modéré ses propos. La montée de ces forces populistes est encouragée par l'administration Trump, qui, selon l'analyste Aleksandra Sojka, a « enhardi les partis eurosceptiques et populistes, en fournissant une validation externe à leurs récits sur des questions comme la souveraineté nationale et la migration ». Cette tendance crée une division profonde au sein de l'Europe, entre les nations prônant une Europe des nations et celles attachées à une plus grande intégration fédérale.